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日本での拠点設立方法Section 3. 税制
3.3 法人所得課税の概要(法人税・法人住民税・事業税)

3.3.1 日本法人の設立、日本支店等の開設と税務届

日本の法律に基づいて新たに日本法人を設立した場合、または新たに日本に支店等を設置した場合その他一定の場合には、その設立または設置後、一定の期限内 に税務当局に対してその設置にかかる税務届出書類を提出しなければなりません。外国法人の支店等の場合は以下の取り扱いとなります。

外国法人の日本支店等の開設と税務届

新たに日本に支店等を設置した場合(後述3.3.4表3-5の(1)に該当することとなった場合)には、その設立または設置後、一定の期限内に税務当局に対してその設置にかかる税務届出書類を提出しなければなりません。また、外国法人が支店等を設けないで国内において法人税の課税対象となる一定の所得を生じることとなった場合(後述3.3.4表3-5の(2)に該当することとなった場合)にも税務届出書類の提出が必要です。

3.3.2 法人所得課税と税率

法人の活動から生じる所得に対して、日本で課税される税金には、法人税(国税)、地方法人税(国税)、法人住民税(地方税)、事業税(地方税)、地方法人特別税(国税。ただし申告・納付は事業税とともに地方自治体に対して行う)(以下「法人税等」という)があります。法人住民税、事業税(地方法人特別税を含む、以下同じ)の課税対象となる所得の範囲、課税所得の算定は一定の例外的取り扱いを除き、法人税の取り扱いに従うこととされています。法人住民税については所得に対する税の他に、資本等の金額および従業員の数を課税標準とした均等割課税が行われます。また、事業税については資本金1億円超の法人を対象として外形標準課税(3.3.3参照)がされます。
所得に対して課税するこれら法人税等は会社の事業年度ごとに計算された所得を課税標準とします。この他に法人税等として退職年金等積立金に対する法人税等(2020年3月31日までに開始する事業年度については課税停止)があります。
各事業年度の所得に対する法人税、法人住民税および事業税の税率(法人所得に対する税負担および均等割)は以下のとおりです。なお、地方税については事業規模、その所在する地方自治体により税率が若干異なる場合があります。
なお、時期により適用税率が変わりますのでご留意ください。

表3-1 実効税率(標準税率ベース)(小数点2位未満四捨五入)
2015年4月1日から2016年3月31日までに開始する事業年度
事業年度開始日 中小法人*1 中小法人*1以外の法人*3
課税所得金額
400万円以下
課税所得金額
400万円超 800万円以下
課税所得金額
800万円超
2016年4月1日~
2017年3月31日
21.42% 23.20% 33.80% 29.97%
2017年4月1日~
2018年3月31日
21.42% 23.20% 33.80% 29.97%
2018年4月1日~
2019年3月31日
21.42% 23.20% 33.59% 29.74%
2019年4月1日~
2019年9月30日
(参考*2
25.90%
(参考*2
27.58%
33.59% 29.74%
*1 中小法人については、下記の法人を前提とする。
  • 資本金は1億円以下。資本金が5億円以上の大法人の100%子会社には該当しない。
  • 法人税額が年1,000万円以下、かつ、所得金額が年2,500万円以下。
  • 2以下の都道府県に事務所・事業所が所在。
*2 中小法人等の軽減税率の特例措置は2019年3月31日をもって廃止される前提で参考税率を記載している。
*3 中小法人以外の法人の実効税率については、資本金1億円超で3以上の都道府県に事務所等が所在する法人を前提とし、標準税率を使用して計算している。
表3-2 法人所得に対する税負担(小数点2位未満四捨五入)
2016年4月1日から2018年3月31日までに開始する事業年度
課税所得金額の区分 400万円以下 400万円超
800万円以下
800万円超
法人税 15.00% 15.00% 23.40%
地方法人税 0.66% 0.66% 1.03%
法人住民税 (1)都道府県民税 0.48% 0.48% 0.75%
法人住民税 (2)区市町村民 1.46% 1.46% 2.27%
事業税 3.40% 5.10% 6.70%
地方法人特別税 1.47% 2.20% 2.89%
総合税率 22.46% 24.90% 37.04%
* 法人住民税および事業税については東京都の場合の例示。ただし[表3-1]の条件*1の中小法人を前提とする。
(計算例)課税所得金額が年1,000万円の場合の税額計算合計263.56万円
課税所得金額の区分 400万円以下 400万円超800万円以下部分 800万円超 合計
法人税 400万円×15%=60万円 400万円×15%=60万円 200万円×23.4%=46.8万円 166.8万円
地方法人税 400万円×0.66%=2.64万円 400万円×0.66%=2.64万円 200万円× 1.03%=2.06万円 7.34万円
法人住民税 (1)都道府県民税 400万円×0.48%=1.92万円 400万円×0.48%=1.92万円 200万円× 0.7%=1.50万円 5.34万円
法人住民税 (2)区市町村民税 400万円×1.46%=5.84万円 400万円×1.46%=5.84万円 200万円× 2.27%=4.5万円 16.22万円
事業税 400万円×3.40%=13.6万円 400万円×5.10%=20.4万円 200万円× 6.70%=13.4万円 47.4万円
地方法人特別税 400万円×1.47%=5.88万円 400万円×2.20%=8.80万円 200万円× 2.89%=5.78万円 20.46万円
* 計算例における税率は小数点第2位未満は四捨五入しており、また最終的な税額は100円未満切り捨てとなるため、実際の数値とは異なる場合がある。
2018年4月1日から2019年3月31日までに開始する事業年度
課税所得金額の区分 400万円以下 400万円超
800万円以下
800万円超
法人税 15.00% 15.00% 23.20%
地方法人税 0.66% 0.66% 1.02%
法人住民税 (1)都道府県民税 0.48% 0.48% 0.74%
法人住民税 (2)区市町村民 1.46% 1.46% 2.25%
事業税 3.40% 5.10% 6.70%
地方法人特別税 1.47% 2.20% 2.89%
総合税率 22.46% 24.90% 36.81%
* ただし[表3-1]の条件*1の中小法人を前提とする。
表3-3 法人住民税 均等割課税分
資本等の金額 従業員数 均等割
¥5,000,000,000超 50人超 ¥3,800,000
¥5,000,000,000超 50人以下 ¥1,210,000
¥1,000,000,000超 ~ ¥5,000,000,000以下 50人超 ¥2,290,000
¥1,000,000,000超 ~ ¥5,000,000,000以下 50人以下 ¥950,000
¥100,000,000超 ~ ¥1,000,000,000以下 50人超 ¥530,000
¥100,000,000超 ~ ¥1,000,000,000以下 50人以下 ¥290,000
¥10,000,000超 ~ ¥100,000,000以下 50人超 ¥200,000
¥10,000,000超 ~ ¥100,000,000以下 50人以下 ¥180,000
¥10,000,000以下 50人超 ¥140,000
¥10,000,000以下 50人以下 ¥70,000

3.3.3 事業税の外形標準課税

資本金または出資金の額が1億円を超える法人については、所得、付加価値および資本金を課税標準とする外形標準課税が行われます。所得割、付加価値割および資本割のそれぞれの標準税率は以下のとおりです。

表3-4外形標準課税の税率
2016年4月1日から2019年9月30日までに開始する事業年度
種別 (例)東京都 標準税率
所得割 年400万円以下 0.395% 0.3%
年400万円超 年800万円以下 0.635% 0.5%
年800万円超 0.88% 0.7%
付加価値割 1.26% 1.2%
資本割 0.525% 0.5%
地方法人特別税 標準税率で計算した所得割に対して414.2% 標準税率で計算した所得割に対して414.2%
* 地方自治体により標準税率と異なる税率の場合がある。

3.3.4 法人課税所得の範囲

日本で設立された法人の所得については、所得の発生場所を問わず日本において課税対象となります。一方、外国で設立された法人については、課税上、その法人をその事業年度開始時期に応じて以下のいずれかに区分した上で、その区分に応じて、前述3.2.1の国内源泉所得のうち、それぞれ定められた所得について日本において法人税、地方法人税、法人住民税、事業税が課税されます。ただし、下記[表3-5](2)のPEを有しない外国法人については法人住民税、事業税は課されません。

表3-5 外国法人に対する法人税および所得税の課税関係の概要
2016年3月31日までに開始する事業年度
国内源泉所得の種類(3.2.1参照) (1) PE*1を有する外国法人 (2) PEを有しない
外国法人
PE帰属所得 PEに帰属しない国内源泉所得
事業所得 法人税
国内にある資産の運用・保有 法人税 法人税 法人税
国内にある資産の譲渡*2 法人税 法人税 法人税
技術者等の派遣事業の対価*2 法人税 法人税 法人税
国内不動産の賃貸料等*2 法人税 法人税 法人税
その他の国内源泉所得 法人税 法人税 法人税
預貯金の利子等*2 法人税 源泉徴収のみ 源泉徴収のみ
配当*2 法人税 源泉徴収のみ 源泉徴収のみ
貸付金利子*2 法人税 源泉徴収のみ 源泉徴収のみ
使用料*2 法人税 源泉徴収のみ 源泉徴収のみ
*1 PEとは、恒久的施設(Permanent Establishment)と呼ばれ、以下に該当する外国法人のその場所、現場、代理人等を言う。
  • 日本国内に支店、出張所、事業所、事務所、工場等事業を行う一定の場所を有する外国法人
    ただし、以下の場所はここでいう「一定の場所」に含まれないものとされている。
    1. 外国法人が広告、宣伝、情報の提供、市場調査、基礎的研究その他その事業の遂行にとって補助的な機能を有する事業上の活動を行うためにのみ使用する一定の場所(3.3.5参照)
    2. 外国法人がその資産を購入する業務のためにのみ使用する一定の場所
    3. 外国法人がその資産を保管するためにのみ使用する一定の場所
  • 前述3.3.1に定める場所または人を通じて事業を行う外国法人
*2 法人税の申告をする場合でも源泉徴収は必要となります。国内にある資産の譲渡については、土地等の譲渡のみ源泉徴収の対象となります。ただしPEを有する外国法人はPE帰属所得について源泉徴収の免除証明書を取得すれば源泉税が免除されます。

3.3.5 駐在員事務所等の所得

いわゆる駐在員事務所等を通じて日本において活動を行う外国法人で、その事務所等が、広告、宣伝、情報の提供、市場調査、基礎的研究、その他その事業の遂行にとって補助的な機能を有する行為をする場合、その行為からは法人税の課税対象となる所得は生じないものとされています(3.3.4参照)。

3.3.6 法人課税所得の算定

各事業年度の所得に対する法人税等の課税標準である所得の金額は、一般に公正妥当と認められた会計処理の基準によって算定された企業利益に所要の税務調整をして算定されます。以下に例示した一定の例外的な取り扱いを除き収益の稼得のために発生した原価、経費の額は控除できます。
外国法人の場合には、課税される日本国内源泉所得の算定上控除すべき原価、経費についてはその発生場所に制限はありません。ただし、国外で発生した原価、費用を国内所得の算定上控除するために配賦する場合にはその明細を作成しなければなりません。また、その配賦は定められた方法により適正になされなければなりません。

原価、費用の控除に制限がある一定の項目の例

  • 法人税等および罰科金
  • 寄付金の損金算入限度超過額
  • 交際費の損金算入限度超過額
  • 各種引当金の繰入額
  • 減価償却資産および繰延資産の償却限度超過額
  • 資産の評価減
  • 役員給与、役員退職給与

3.3.7 特定同族会社の留保金課税

同族会社である日本法人のうち一定の法人については、通常の所得に対する法人税に加えて留保金課税の適用があります。留保金課税は、各事業年度の留保金額から留保控除額を控除して算出される課税留保金額に特別税率を乗じて算出されます。特別税率は所得の金額に応じて、年3,000万円以下の金額に対して10%、年3,000万円を超え年1億円以下の金額に対して15%、年1億円を超える金額に対して20%となっています。

3.3.8 欠損金の取り扱い

各事業年度の所得の計算上生じた欠損金額はその後9年間(2018年4月1日以後に開始する事業年度において生じた欠損金については10年間)繰越されます。この欠損金の繰越制度は、欠損の生じた事業年度において青色申告書を提出し、かつ、それ以後連続して確定申告書を提出している場合に限り適用されます。なお、法人の資本金が1億円を超える場合、もしくは資本金が5億円以上の大法人(外国法人を含む)の100%子会社の場合には、所得から控除できる欠損金の額は法人の開始事業年度により所得金額の以下の割合が上限となります。また青色申告書を提出する中小法人等一定の法人については、欠損金の生じた事業年度の開始の日前1年以内に開始した事業年度にその欠損金を繰戻し、その繰戻しをした事業年度の法人税額の全部または一部の還付を受けることも認められています。

2015年4月1日から2016年3月31日までに開始する事業年度 65%
2016年4月1日から2017年3月31日までに開始する事業年度 60%
2017年4月1日から2018年3月31日までに開始する事業年度 55%
2018年4月1日以後開始事業年度 50%

ただし、未上場である法人等や再建途中の法人等については、一定の期間、控除割合は100%とされています。

3.3.9 企業組織再編税制

法人が分割、合併、現物出資等(組織再編)により資産を移転する場合には、原則として移転資産の譲渡損益についての課税が行われます。しかし100%の直接又は間接の持株関係にある法人間の組織再編で一定のもの、あるいは50%超の直接又は間接の持株関係にある法人間の組織再編で共同事業のための組織再編等として一定の要件に該当する組織再編については、適格組織再編としてその移転資産の譲渡損益の課税を繰り延べる措置が取られています。

3.3.10 税務申告と納付

  1. 確定申告と納付
    法人は、各事業年度終了の日の翌日から2ヵ月以内にその所得についての法人税、地方法人税、法人住民税、事業税、地方法人特別税について税務申告書を提出しなければなりません。しかし、定款等の定めまたは法人に特別の事情があること等により定時総会が2か月以内に招集されない常況、その他やむを得ない理由により決算が確定しないため、確定申告書を提出することができない場合には、税務署長の承認を受けて、提出期限を延長するように求めることができます。この確定申告書に記載する所得金額や税額等は、株主総会の決議により確定した決算にもとづいて計算されなければなりません。
    また計算された税額は同期間内に納付されなければなりません。上記により申告書の提出期限が延長されても納付期限は延長されませんので、延長期間中に納付した場合には、その期間につき利子税や延滞金(損金算入)が課されます。この納付すべき確定税額の計算上、予め納付された中間納付額がある場合にはそれを控除します。
  2. 中間申告と納付
    事業年度が6カ月を超える法人については、その事業年度開始の日以後6カ月を経過した日までの期間について、最初の6カ月を経過した日から2カ月以内に中間申告書を提出し、中間納付額を納付しなければなりません(定められた算式で計算された税額が一定額以下の場合を除く)。
  3. 青色申告
    法人の税務申告書は白色と青色の申告書に区別されます。法人は税務署の承認を受けて青色申告書を提出することができます。青色申告を提出する法人には各種の税務上の特典が付与されています。青色申告書を提出することについて税務署の承認を得るためには、一定の書式による承認申請書をその事業年度の開始の日の前日までに税務署に提出しなければなりません。新たに設立された法人や新たに日本において支店を設けることになった外国法人について、その設立(設置)した日の事業年度から青色申告の適用を受けようとする場合には、その設立(設置)以後3カ月を経過した日と設立(設置)後最初の事業年度終了の日とのいずれか早い日の前日までに承認申請書を提出しなければなりません。

3.3.11 本国への送金

日本法人が行う親会社(本国)向けの送金は企業間の取引に基づいて行われ、その内容にしたがい一般的に原価、経費の支払、利益の配当、または貸付け(もしくは貸付金の返済)等として取扱われます。その原価、経費のうち一定のものは支払者である日本法人の所得計算上控除されます。親会社の所得と取扱われる一定の支払(例えば利子、配当、使用料の支払等)については、その支払の際に源泉所得税の課税が必要になるものがあります(3.4.4参照)。
一方、外国法人の支店が行う本店(本国)向けの送金については、、前述3.1.1の通り、支店が本店から独立した企業であるとみなして内部取引損益を認識することとなります。なお本店から支店への支店開設資金の供与や支店から本店への利益送金等については資本等取引に区分され、損益は生じません。また、内部取引に関しては源泉所得税の課税はありません。

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