3.3 法人所得課税の概要（法人税・法人住民税・事業税）

日本の法律に基づいて新たに日本法人を設立した場合、または新たに日本に支店等を設置した場合その他一定の場合には、その設立または設置後、一定の期限内に税務当局に対してその設置にかかる税務届出書類を提出しなければなりません。

外国法人の支店等の場合は以下の取り扱いとなります。

新たに日本に支店等を設置した場合（後述3.3.4 表3-5の(1)に該当することとなった場合）には、その設立または設置後、一定の期限内に税務当局に対してその設置にかかる税務届け出書類を提出しなければなりません。また、外国法人が支店等を設けないで国内において法人税の課税対象となる一定の所得を生じることとなった場合（後述3.3.4 表3-5の(2)に該当することとなった場合）にも税務届け出書類の提出が必要です。

法人の活動から生じる所得に対して、日本で課税される税金には、法人税（国税）、地方法人税（国税）、法人住民税（地方税）、事業税（地方税）、特別法人事業税（国税。ただし申告・納付は事業税とともに地方自治体に対して行う。以下「法人税等」という）があります。法人住民税、事業税（特別法人事業税を含む、以下同じ）の課税対象となる所得の範囲、課税所得の算定は一定の例外的取り扱いを除き、法人税の取り扱いに従うこととされています。法人住民税については所得に対する税の他に、資本金等の額および従業者数を課税標準とした均等割課税が行われます。また、事業税については資本金1億円超の法人を対象として外形標準課税（3.3.3参照）がされます。

所得に対して課税するこれら法人税等は会社の事業年度ごとに計算された所得を課税標準とします。この他に法人税等として退職年金等積立金に対する法人税等（2026 年 3 月 31 日までに開始する事業年度については課税停止）があります。

各事業年度の所得に対する法人税、法人住民税及び事業税の税率（法人所得に対する税負担及び均等割）は以下のとおりです。なお、地方税については事業規模、その所在する地方自治体により税率が若干異なる場合があります。

なお、時期により適用税率が変わりますのでご留意ください。

資本金または出資金の額が1億円を超える法人※については、所得、付加価値および資本金を課税標準とする外形標準課税が行われます。所得割、付加価値割および資本割のそれぞれの標準税率は以下の表3-4のとおりです。

日本で設立された法人の所得については、所得の発生場所を問わず日本において課税対象となります。一方、外国で設立された法人については、前述 3.2.1 の国内源泉所得のうち、それぞれ定められた所得について日本において法人税、地方法人税、法人住民税、事業税及び特別法人事業税が課税されます。ただし、以下の表 3-5(2)の PE を有しない外国法人については法人住民税、事業税及び特別法人事業税は課されません。

いわゆる駐在員事務所等を通じて日本において活動を行う外国法人で、その事務所等が、物品の保管、展示、引き渡し等又は情報収集等その他その事業の遂行にとって準備的・補助的な機能を有する行為をする場合、その行為からは法人税の課税対象となる所得は生じないものとされています(3.3.4 参照)。なお、2019 年 1 月 1 日以後に開始する事業年度から、当該外国法人又は外国法人と特殊な関係にある者の活動が準備的・補助的な性格の業務であっても、一体的な業務の一部として補完的な機能を果たす場合等には、PE に該当することとなります。

各事業年度の所得に対する法人税等の課税標準である所得の金額は、一般に公正妥当と認められた会計処理の基準によって算定された企業利益に所要の税務調整をして算定されます。以下に例示した一定の例外的な取り扱いを除き収益の稼得のために発生した原価、経費の額は控除できます。

外国法人の場合には、課税される日本国内源泉所得の算定上控除すべき原価、経費についてはその発生場所に制限はありません。ただし、国外で発生した原価、費用を国内所得の算定上控除するために配賦する場合にはその明細を作成しなければなりません。また、その配賦は定められた方法により適正になされなければなりません。

中小企業者等が、2024年4月1日から2027年3月31日までの間に開始する各事業年度において前年度より給与等を増加させた場合に、その増加額の一部を法人税から税額控除できる制度です。

雇用者給与等支給額が前年度と比べて1.5%以上増加した場合は、控除対象雇用者給与等支給増加額の15%を法人税額から控除できます。さらに増加額が2.5%以上増加した場合は税額控除率を15%上乗せ、教育訓練費の額が5%以上増加し、かつ教育訓練費が雇用者給与等支給額の0.05%以上の場合は税額控除率を10%上乗せ、さらに一定の要件を満たした場合は5%上乗せできます。ただし、いずれの場合も法人税額の20%が税額控除の上限となります。

その他の税額控除の一例として、下記のものがあります。課税所得に対して課された法人税の額に対して、一定の要件を満たす場合には税額控除を受けることができます。

同族会社である日本法人のうち一定の法人については、通常の所得に対する法人税に加えて留保金課税の適用があります。留保金課税は、各事業年度の留保金額から留保控除額を控除して算出される課税留保所得金額に特別税率を乗じて算出されます。特別税率は所得の金額に応じて、年 3,000 万円以下の金額に対して 10%、年 3,000 万円を超え年 1 億円以下の金額に対して 15%、年 1 億円を超える金額に対して 20%となっています。

各事業年度の所得の計算上生じた欠損金額はその後 10 年間（2018 年 3 月 31 日以前に開始する事業年度において生じた欠損金については 9 年間）繰越されます。この欠損金の繰越制度は、欠損の生じた事業年度において青色申告書を提出し、かつ、それ以後連続して確定申告書を提出している場合に限り適用されます。なお、法人の資本金が 1 億円を超える場合、もしくは資本金が 5 億円以上の大法人（外国法人を含む）の 100%子会社の場合には、所得から控除できる欠損金の額は法人の開始事業年度により所得金額の 50%が上限となります。

また青色申告書を提出する中小法人等一定の法人については、欠損金の生じた事業年度の開始の日前 1 年以内に開始した事業年度にその欠損金を繰戻し、その繰戻しをした事業年度の法人税額の全部または一部の還付を受けることも認められています。

ただし、中小企業や経営再建を行う企業その他一定の法人等については、一定の期間、控除割合は 100%とされています。

法人が分割、合併、現物出資等（組織再編）により資産を移転する場合には、原則として移転資産の譲渡損益についての課税が行われます。しかし 100%の直接又は間接の持株関係にある法人間の組織再編で一定のもの、50%超の直接又は間接の持株関係にある法人間の組織再編で一定のもの、あるいは共同事業のための組織再編等として一定の要件に該当する組織再編については、適格組織再編としてその移転資産の譲渡損益の課税を繰り延べる措置が取られています。

日本法人が行う親会社（本国）向けの送金は企業間の取引に基づいて行われ、その内容にしたがい一般的に原価、経費の支払、利益の配当、または貸付け（もしくは貸付金の返済）等として取扱われます。その原価、経費のうち一定のものは支払者である日本法人の所得計算上控除されます。親会社の所得と取扱われる一定の支払（例えば利子、配当、使用料の支払等）については、その支払の際に源泉所得税の課税が必要になるものがあります（3.4.4 参照）。

一方、外国法人の支店が行う本店（本国）向けの送金については、前述 3.1.1 の通り、支店が本店から独立した企業であるとみなして内部取引損益を認識することとなります。なお本店から支店への支店開設資金の供与や支店から本店への利益送金等については資本等取引に区分され、損益は生じません。また、内部取引に関しては源泉所得税の課税はありません。