제3장: 세제

3.1 대일투자에 대한 일본 법인세의 개요

3.1.1 진출 형태(지점 또는 현지 법인)에 대한 세제의 중립성

일본에서 경제 활동을 하는 법인은 그 경제 활동으로 인해 발생하는 이익이 일본에서 과세 대상이 됩니다. 그러나 다국적 기업이 일본에서 경제 활동을 하는 경우, 진출 형태에 따라 세제가 불공평해지지 않도록 여러가지 조치가 마련되어 있습니다. 일본에서 설립된 법인에 대해서는 비과세 또는 면제되는 일정 소득을 제외하고 원칙적으로 그 소득의 발생장소(소득원천지라고 한다)를 불문하고 그 일본법인의 소득이 과세 대상이 됩니다. 그러한 경우 외국에서 가득(稼得)한 이익이 포함된 경우로 그 이익에 대해서 소득 원천지 국가에서 과세가 되어 있을 때는 소득 원천지 국가와 일본에서의 이중과세를 배제할 목적으로 일정한 범위 내에서 외국에 있어서 부과된 세금을 일본의 세금에서 공제하는 외국세액공제 규정이 마련되어 있습니다. 한편, 외국법인의 일본지점에 대해서는 일정 소득만을 일본에서의 과세 대상으로 하는 등, 일본에서 국제적으로 이중과세가 발생하지 않도록 조치를 취하고 있습니다. 외국법인 일본지점의 과세대상이 되는 소득의 범위에 대해서는 2016년 4월 1일 이후에 개시하는 사업연도부터 대폭적인 변경이 이루어져 일본지점과 본점 등을 각각 별도의 독립된 법인으로 간주하여 과세합니다. 이에 따라 일본지점의 과세대상이 되는 소득은 일본지점(항구적 시설)에 귀속하는 소득(일본지점이 본점 등으로부터 분리·독립한 기업일 경우에 얻는 소득) 및 기타 일정 소득이 됩니다. 일본지점(항구적 시설)에 귀속하는 소득의 계산은 지점과 본점 등과의 내부거래에 대해 독립 기업 간 가격에 따른 거래가 이루어지고 있다고 의제하고, 내부거래 손익을 인식하게 됩니다. 일본지점(항구적 시설)의 과세 대상이 되는 소득 범위가 변경됨과 동시에 외국법인에 대해서도 새롭게 외국세액공제 규정이 마련되어 일본지점(항구적 시설)이 제3국에서 벌어들인 일본지점(항구적 시설)에 귀속하는 소득에 대해 제3국에서도 과세되는 경우에는 제3국에서 부과된 세금을 일정 범위에서 일본의 세금에서 공제하는 외국세액공제를 통해 국제적인 이중 과세를 배제하고 있습니다.

3.1.2 원천징수 또는 신고 납부

일본에서 활동하는 다국적 기업이 일본에서 과세 대상이 되는 일정 소득을 얻었을 경우에는 그 기업의 형태 및 소득의 종류에 의해 정해진 방법에 따라 원천징수에 의한 수속 또는 신고에 의한 수속에 의해 세액이 산정되고 이를 납부합니다.

3.1.3 납세관리인의 지정

일본에 주소가 없는 개인이나 일본에서 경제활동을 하는 법인, 또는 외국법인의 일본지점이 일본에 본점이나 사무소 등을 소유하지 않은 경우로 신고서의 제출 등이 필요한 때는, 납세관리인을 선임하여 신고할 수 있게 됩니다.

또한 2022년4월1일 이후, 납세관리인을 정해야 하는 개인이나 법인이 납세관리인의 신고를 하지 않은 때는, 소관 세무서장 등에 의해 일정한 일본 국내 관련자(친족이나 관계회사 등)를 납세관리인으로 지정할 수 있게 되었습니다.

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