Section 3. 有關對日投資的日本法人稅收制度的概要

在日本從事經濟活動的法人要就其經濟活動中所產生的利潤在日本繳稅。但是，為防止跨國公司在日本從事經濟活動時，因其投資方式不同造成稅收不公平而採取了相應措施。設立在日本的法人，除了非課稅及扣除免稅額的一定所得外，原則上，不論所得來源地是何處（日語：所得源泉地），該日本法人的所得均須徵稅。因此，當境外所獲利潤已經在其發生所得的國家徵稅時，為避免所得來源國與日本的雙重徵稅，制定了境外稅額抵扣的規定，在一定範圍內，可從日本的應繳稅款中扣除境外已繳納的稅款。此外，對外國法人的日本分支機構也採取了相應措施，僅對其部分所得徵稅，以避免在日本出現國際間的雙重課稅。

外國法人日本分支機構之納稅對象所得範圍，於2016年4月1日起算之事業年度起將有大幅變化，日本分支機構與總公司等將視為不同的獨立法人，分別課稅。因此，日本分支機構必須課稅之所得為歸屬於該日本分支機構（持久性設施）之所得（日本分支機構成為自總公司等分離・獨立之企業時獲得的收入）及其他一定所得。計算歸屬於該日本分支機構（持久性設施）之所得時，需假設分支機構與總公司之間的內部交易以獨立企業之間的價格進行，列為內部交易損益。伴隨著日本分支機構（持久性設施）的納稅對象所得範圍的變化，也制定了關於外國法人的新境外稅額抵扣的規定，對於已經在第三國徵徵稅的日本分支機構（持久性設施）在第三國所獲的屬於日本分支機構（持久性設施）的所得，為避免國際雙重徵徵稅，在第三國所徵之稅在一定範圍內，可從日本的應繳稅款中扣除外國稅款。

在日本開展業務的跨國公司，當其在日本獲得一定的應稅收入時，需要依從跟據該企業形態及其所得種類而制定的方法，通過辦理來源徵收（即代扣代繳）或申報的手續，計算和繳納應徵稅額。

在日本未持有住址的個人或在日本進行經濟活動的企業，或者在日本未持有店舖或辦事處的外國企業的日本分支機構，如有必要在日本提交稅務申報表等，需要選任納稅管理人代替進行申報提交。

另外，自2022年4月1日開始，如個人或企業未有就選任納稅管理人提交相關通知，管轄的稅務署長等有權指定其個人或企業在日本境內的關聯人(親戚、關聯企業等)作為納稅管理人。