3.9 其他涉及國際交易的主要法人稅制

為了避免針對所得稅收的國際間雙重徵稅，允許在扣除限額範圍內，從日本的納稅額中扣減針對日本境內法人的交易而徵收的外國稅額。外國稅額扣除制度是：(1)日本境內法人就在外國的所得直接繳納的外國稅額（直接稅額扣除）；(2)根據租稅條約的規定，締約國有特別的稅額減免制度（預計稅額扣除）；(3)所謂的反避稅地稅制，適用於對日本境內法人所得與來自其特定的外國子公司等所得合算的相應外國稅額。

再者，實施了外國公司股行排除制度以避免國際雙重徵稅。持有股權等的日本境內法人由特定的外國子公司所得分紅，其中一定的金額為非課稅對象。

為了防止法人與國外的母公司等關聯企業採用不同尋常的價格（獨立企業間價格）進行交易，向國外轉移利潤，因交易對價不同於獨立企業間價格而致應課稅所得減少時，規定將該筆交易視為獨立企業間的交易，計算稅額。另外，作為能夠使各國課稅當局把握全球企業活動全景的報告制度，屬於一定多國籍企業組織的法人必須提交從 2016年4月1日開始的最終母公司等會計年度的規定報告書。

為了防止日本境內法人通過位於所謂避稅天堂的外國子公司截留所得、逃避納稅，規定將該外國子公司截留的所得中與其持有股份相應的金額計入日本境內法人的應課稅所得進行徵稅。

法人從一定的國外控股股東籌措的借款超過自有資本的3倍（或其他可取代的合理比率）時，對應該超額部分的負債利息，不得在計算應課稅所得時予以扣除。

法人如果向國外的總公司等相關聯的公司支付利息，在所支付的利息中超過所得金額的20%的額度部分，不可在計算應課稅時予以扣除。但是，向關聯公司支付的利息等的額度在2,000萬日圓以下時，或者擁有超過50%資本關係的所有國內法人的調整收入金額的總金額在這些國內法人的20％以下的情況下，則無需計算過多支付利息稅制。

另外，本制度和上述3.9.4的過少資本稅制都適用的情況時，採用不可扣除金額較大的一種稅制。